1. Đào tạo Đại học:

Với mục tiêu xây dựng Học viện vững mạnh theo hướng cách mạng, chính qui, khoa học, từng bước hiện đại; xây dựng Học viện trở thành một trung tâm Đào tạo - Nghiên cứu khoa học - Điều trị có chất lượng cao của Quân đội và của cả nước…

Học viện đã thực hiện tốt các nội dung, nhiệm vụ giáo dục đào tạo bậc Đại học: tuyển sinh, kế hoạch giảng dạy - học tập và thi - kiểm tra; công tác phương pháp; công tác quản lý đào tạo; biên soạn nội dung - chương trình, qui chế đào tạo, qui chế quản lý học viên; biên soạn tài liệu, giáo trình, giáo khoa; bồi dưỡng, phát triển và nâng cao chất lượng đội ngũ giảng viên ...

- Đã hoàn thiện, chuẩn hoá các mục tiêu, chương trình qui chế đào tạo, qui chế quản lý cho 11 đối tượng, loại hình đào tạo tại Học viện. Hầu hết các chương trình đào tạo được xây dựng đảm bảo tính cơ bản, hệ thống và cập nhật khoa học kỹ thuật hiện đại; các chương trình được xây dựng không chỉ là kiến thức, kỹ năng thực hành mà cả về nội dung y đức, kiến thức về KHXH&NV; có sự liên thông trong ngành  Y - Dược và đảm bảo đặc thù của ngành Quân y. Chương trình đào tạo cũng đã chú trọng đến đào tạo và bồi dưỡng nhân tài (Bác sĩ Nội trú). Chương trình đào tạo đều được cấu tạo theo học trình, học phần, tạo điều kiện thuận lợi cho người học tích luỹ được vốn  kiến thức.

- Chuẩn hoá trình độ cán bộ giảng dạy: hoàn thiện các tiêu chuẩn, qui trình bồi dưỡng, xét chọn, công nhận giảng viên các trình độ đảm bảo các tiêu chí: có trình độ học vấn, trình độ và năng lực sư phạm, có kinh nghiệm thực tiễn (Tỷ lệ cán bộ giảng dạy bậc đại học hiện nay có trình độ sau đại học chiếm 85.19 %, trong đó có 8 GS, 50 PGS,  114 tiến sĩ,  146 thạc sĩ, 79 chuyên khoa cấp 1 và cấp 2,  69 đại học).

- Tích cực đổi mới phương pháp dạy học, phương pháp đánh giá mới phù hợp để nâng cao chất lượng giáo dục:  Dưới sự chỉ đạo của Đảng ủy, Ban Giám đốc Học viện, Phòng Đào tạo đã tích cực chủ động trong việc triển khai áp dụng các phương pháp dạy học tích cực, phương pháp dạy học lấy học viên là trung tâm, phương pháp dạy học lâm sàng, các phương pháp đánh giá bằng trắc nghiệm, bồi dưỡng người học, năng lực giải quyết vấn đề, sử dụng các phương tiện dạy học hiện đại... đồng thời tổ chức tốt Hội giảng hàng năm để nâng cao chất lượng giảng dạy của giảng viên.

- Hưởng ứng các cuộc vận động “nói không với tiêu cực trong giáo dục đào tạo” do Bộ GD và ĐT phát động, cơ quan đào tạo đã thực hiện nghiêm chỉ lệnh của Giám đốc Học viện trong công tác đánh giá: thực hiện nghiêm qui chế thi kiểm tra; đổi mới hình thực thi, kiểm tra: thi trắc nghiệm và áp dụng công nghệ thông tin trong quản lý, điều hành thi…. đã hạn chế tối đa các hiện tượng tiêu cực trong thi cử, đánh giá đúng chất lượng đào tạo và tạo được môi trường tốt, có ý nghĩa giáo dục cho học viên học tập, phấn đấu.

- Trong 10 năm trở lại đây, đã đào tạo 5.471 cán bộ y tế bậc đại học (4.259 Bác sĩ, 122 Dược sĩ đại học, 310 Cao đẳng điều dưỡng và kỹ thuật y học và 780 sĩ quan dự bị y - dược). Tỷ lệ tốt nghiệp ra trường đạt 95%, trong đó tỷ lệ đạt khá giỏi trên 45%. Học viên tốt nghiệp ra trường nắm được kiến thức cơ bản, biến vận dụng thực tiễn và đảm nhận được nhiệm vụ ban đầu.

2. Đào tạo Sau Đại học

Đào tạo Sau đại học ở Học viện Quân y đã bắt đầu từ những năm 1974 - 1975 với việc đào tạo các Bác sĩ Chuyên khoa cấp I và cấp II, sau đó đào tạo Tiến sĩ từ năm 1979 và Thạc sĩ từ năm 1992.

Với mục tiêu góp phần xây dựng Học viện vững mạnh theo hướng cách mạng, chính quy, khoa học và từng bước hiện đại; xây dựng Học viện trở thành một trường đại học trọng điểm quốc gia, một trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học và điều trị có chất lượng cao của quân đội và của cả nước. Học viện đã tổ chức thực hiện tốt nhiệm vụ đào tạo Sau đại học: tuyển sinh, chương trình kế hoạch giảng dạy - học tập, thi - kiểm tra, công tác phương pháp, quản lý học viên sau đại học, xây dựng chương trình, quy chế đào tạo và quản lý học viên, cải tiến phương pháp giảng dạy, học tập, đánh giá kết quả học tập, bảo vệ luận văn, luận án…

Nhờ sự quan tâm, chỉ đạo của các Bộ, của Đảng uỷ và Ban Giám đốc Học viện, sự hợp tác, giúp đỡ nhiệt tình của các Phòng ban, Bộ môn trong Học viện cũng như các cơ quan, đồng nghiệp ngoài Học viện, công tác Đào tạo Sau đại học đã  đạt được một số thành tích cụ thể sau:

- Tham mưu, giúp việc Đảng ủy, Giám đốc Học viện quản lý và tổ chức thực hiện tốt các hoạt động, nhiệm vụ đào tạo Sau đại học với tất cả ý thức trách nhiệm và lương tâm nghề nghiệp.

- Tổ chức, quản lý, điều hành các hoạt động của công tác giảng dạy và học tập sau đại học theo đúng kế hoạch đào tạo đã được phê duyệt tại Học viện và các cơ sở ngoài Học viện. Trong thời gian qua, Học viện Quân y đã đào tạo được (chỉ kể số người đã tốt nghiệp ra trường): 668 tiến sĩ, 2194 thạc sĩ, 1057 bác sĩ chuyên khoa II, 2728 bác sĩ chuyên khoa I, 86 bác sĩ nội trú, 124 bác sĩ chuyên khoa định hướng của nhiều chuyên ngành khác nhau trong y - dược học.

- Tổ chức các lớp tập huấn, hội thảo cho cán bộ quản lý và giảng viên về: nghiệp vụ quản lý sư phạm, phương pháp dạy học mới, phương pháp đánh giá kết quả học tập, ứng dụng công nghệ thông tin phục vụ giảng dạy và nghiên cứu khoa học…Chất lượng và số lượng đội ngũ giảng viên sau đại học của Học viện được nâng lên rõ rệt, đáp ứng tốt yêu cầu và hoàn thành tốt nhiệm vụ đào tạo sau đại học cho quân đội và đào tạo nguồn nhân lực bậc cao phục vụ sự nghiệp CNH và HĐH đất nước (Tỷ lệ giảng viên hiện nay có trình độ sau đại học của Học viên Quân y lên tới hơn 85%).

- Hoàn thiện, chuẩn hóa các mục tiêu đào tạo, quy chế quản lý cho các đối tượng Nghiên cứu sinh, học viên Cao học, học viên Chuyên khoa I, Chyên khoa II, học viên Bác sĩ nội trú.

- Cải tiến, hoàn thiện và triển khai thực hiện 33 chương trình đào tạo cao học, 19 chương trình chuyên khoa I, 20 chương trình chuyên khoa II, 02 chương trình đào tạo bác sĩ nội trú và hơn 30 chương trình bổ sung kiến thức cho nghiên cứu sinh theo hướng đổi mới với học chế tín chỉ. Các chương trình đảo tạo đảm bảo tính cơ bản, hệ thống và cập nhật kiến thức hiện đại, kết hợp lý thuyết với thực hành.

- Xây dựng và bước đầu sử dụng phần mềm Quản lý đào tạo sau đại học trong công tác tổ chức, quản lý, điều hành các hoạt động đào tạo sau đại học, thu thập và lưu trữ các đề tài nghiên cứu và hướng nghiên cứu chính của các bộ môn để học viên lựa chọn làm đề tài luận văn, luận án; thu thập và lữu trữ các luận văn, luận án đã bảo vệ tại Học viện…

- Xây dựng, thông qua và thực hiện Quy chế đào tạo tiến sĩ, Quy chế đào tạo thạc sĩ, Quy chế đào tạo bác sĩ chuyên khoa I, Quy chế đào tạo bác sĩ chuyên khoa II, Quy chế đào tạo bác sĩ nội trú tại Học viện Quân y.

- Xây dựng, hoàn thiện và thực hiện Quy chế làm việc của Phòng Sau đại học,Chức trách, nhiệm vụ của Phòng Sau đại học, Quy chế quản lý học viên sau đại học để quản lý tốt học viên góp phần nâng cao chất lượng đào tạo.

- Quan hệ mật thiết và hợp tác chặt chẽ với các cơ sở đào tạo trong và ngoài quân đội, với đội ngũ các chyên gia, các nhà khoa học và các giảng viên kiêm nhiệm trong công tác đào tạo, đảm bảo và nâng cao chất lượng đào tạo Sau đại học ở Học viện Quân y.

- Quan hệ quốc tế cũng được tăng cường, phục vụ thiết thực cho công tác đào tạo Sau đại học. Trong thời gian qua Học viện tuyển chọn các cán bộ khoa hoc trẻ có đủ năng lực chuyên môn và phẩm chất đạo đức để cử đi đào tạo Sau đại học ở nước Ngoài.

3. Đào tạo Trung cấp

Trường Trung cấp Quân y 1 được thành lập ngày 25/11/1966 theo Quyết định 2154/QĐ-TCHC. Bốn mươi bốn năm xây dựng, phát triển và trưởng thành, cán bộ, giáo viên, học viên, chiến sĩ, công nhân viên chức quốc phòng của Nhà trường đã nỗ lực vượt bậc, quyết tâm khắc phục mọi khó khăn, đoàn kết, nhất trí, thực hiện thắng lợi mọi nhiệm vụ được giao.

Nhà trường đã đào tạo được trên 30.000 nhân viên chuyên môn kỹ thuật y, dược (trung – sơ học) quân y, cung cấp cho Quân đội, cho ngành y tế (các trung tâm y tế huyện, trạm y tế xã trong cả nước); đào tạo nhân viên chuyên môn kỹ thuật trung học quân y giúp Quân đội các nước bạn. Nhiều học viên ra trường đã tiếp tục học tập, rèn luyện, phấn đấu lập được nhiều thành tích xuất sắc trong chiến đấu và phục vụ chiến đấu góp phần xấy dựng ngành quân y cách mạng phát triển. Nhà trường làm tốt công tác nghiên cứu khoa học, biên soạn chỉnh lý nội dung chương trình đào tạo, sách giáo khoa để nâng cao chất lượng đào tạo, chất lượng đội ngũ giáo viên, cán bộ Nhà trường không ngừng được nâng lên, đến nay trên 80% giáo viên có trình độ đại học, 25% trình độ sau đại học, 05 đồng chí được phong tặng “Nhà giáo ưu tú”, 01 Thầy thuốc ưu tú, 01 giáo viên đạt giải ba “Giáo viên dạy giỏi toàn quốc”, 12 giáo viên đạt danh hiệu “Giáo viên dạy giỏi toàn quân”, 322 lượt giáo viên đạt danh hiệu “Giáo viên dạy giỏi” cấp Tổng cục Hậu cần, Học viện Quân y và cấp Nhà trường. Tiến hành tốt công tác dân vận – tuyên truyền đặc biệt đối với chính quyền, nhân dân địa phương nơi đóng quân.

Từ trường Trung cấp Quân y thành lập ngày 25 tháng 11 năm 1966 đến Trường Trung học Quân y năm 1976, Trường Trung học Quân y I năm 1977, Hệ đào tạo Trung học - Học viện Quân y năm 1996 và Trường Trung học Quân y I năm 2006, Trường Trung cấp Quân y I năm 2008. 44 năm qua, Nhà trường đã quán triệt sâu sắc các đường lối chính sách của Đảng, chỉ thị mệnh lệnh của cấp trên về công tác giáo dục đào tạo. Các thế hệ “Thầy” và “Trò” đã nêu cáo tinh thần tự lực, tự cường, vừa đào tạo, vừa xây dựng thực hiện lời dạy của Bác Hồ kính yêu “Dù khó khăn đến đâu cũng phải thi đua dạy tốt và học tốt”. Nhà trường đã vinh dự được Nhà nước tặng thưởng 02 Huân chương Quân công hạng Ba, 02 Huân chương Chiến công hạng Nhất, 01 Huân chương Chiến công hạng Nhì, 02 Huân chương Chiến công hạng Ba, Huân chương Quân công hạng Ba trong thời kỳ đổi mới. Năm 2010, được Nhà nước phong tặng danh hiệu đơn vị Anh hùng lực lượng vũ trang Nhân dân.