Tóm tắt

Mục tiêu: thiết kế phản ứng RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) phát hiện đồng thời 5 loài virut Ebola, góp phần chẩn đoán nhanh, chính xác, kịp thời ngăn chặn và kiểm soát lây lan của dịch bệnh do virut Ebola. Vật liệu và phương pháp: các trình tự toàn bộ bộ gen của 5 loài virut Ebola được thu thập từ Ngân hàng dữ liệu GenBank. Sử dụng phần mềm tin sinh học thiết kế mồi đặc hiệu với virut Ebola, thực hiện phản ứng RT-PCR với các cặp mồi vừa thiết kế trên mẫu ARN chuẩn dương và chuẩn âm bằng bộ kít One-Step RT-PCR (Thermo Fisher, Mỹ). Kết quả: thiết kế được 01 mồi xuôi (Ebo-pan-Fwd: GTGTGCGARTAACTAYGAGGAAG), 02 mồi ngược (Ebo-pan-Rev2: GGATGACTCTTTGYCGMACAAT, Ebo-pan-Rev3: GGCATGGCAGCMARTGTTCTC). Kết quả thực hiện phản ứng RT-PCR sử dụng bộ kít One-Step RT-PCR (Thermo Fisher, Mỹ) đối với chuẩn dương ARN của virut Ebola chủng Zaire Mayinga (giáo sư Jonas Schmidt-Chanasit ở Viện Y học Nhiệt đới Bernhard Nocht, Hamburg, Cộng hòa Liên bang Đức cung cấp) cho 2 băng đặc hiệu với Ebola có kích thước lần lượt là 541 bp, 830 bp; không xuất hiện băng đặc hiệu đối với mẫu chuẩn âm là virut Dengue. Kết luận: đã thiết kế thành công phản ứng RT-PCR chẩn đoán virut Ebola. * Từ khóa: Virut Ebola; RT-PCR; Zaire Ebola.

Abstract

Objectives: To establish one-step RT-PCR for simultanous detection of five E bolavirus species. Materials and methods: Full genome sequences of five Ebolavirus species retrieved from the Genebank for design of primers using Primer Express software. RT-PCR has been optimized and validated with the positive and negative standards using One-Step RT-PCR kit (Thermo Fisher, USA). Results and conclusions: We designed one forward primer and two reverse primers with following sequences: Ebo-pan-Fwd: GTGTGCGARTAACTAYGAGGAAG, Ebo-pan-Rev2: GGATGACTCTTTGYCGMACAAT, Ebo-pan-Rev3: GGCATGGCAGCMARTGTTCTC, respectively. Primer pairs above were tested with the positive standard (Zaire Virut Ebola Mayinga, kindly provided by Pr Jonas Schmidt-Chanasit, Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine, Hamburg, Germany) using One-Step RT-PCR kit. (Thermo Fisher, USA). Clear and specific bands were detected at 354 bp for Ebo-pan-Rev2 and 830 bp Ebo-pan-Rev3, respectively. The specificity of this assay was 100% as verified by testing with RNA extracted from plasma in patients infected with Dengue virus. Conclusion: We have developed and validated successfully one-step reverse transcription-PCR for simultanous detection of five Ebolavirus species. * Key words: Ebolavirus; RT-PCR; Zaire Ebola.