Tóm tắt

Mục tiêu: Đánh giá sự có mặt của gene CagA và VacA của 60 mẫu bệnh phẩm chứa vi khuẩn Helicobacter pylori (H. pylori) là mảnh sinh thiết dạ dày của các bệnh nhân được chẩn đoán viêm loét dạ dày, loạn sản tế bào và ung thư dạ dày tại Bệnh viện 19-8, Bộ Công an bằng kỹ thuật multiplex-PCR. Đồng thời giải trình tự gene và phân tích đặc điểm phân tử vùng p33 của gene VacA của 8 chủng H. pylori thu nhận. Đối tượng và phương pháp: Mẫu nghiên cứu là các mảnh sinh thiết dạ dày có kết quả dương tính với kít Urease. DNA tổng số được tách chiết từ bằng bộ kít DNeasy Blood and Tissue Kits và được sử dụng làm khuôn cho phản ứng PCR để thu nhận vùng gene VacA chứa tiểu đơn vị p33. Phân tích phả hệ nguồn gốc được thực hiện bằng chương trình MEGA10 với hệ số tin cậy 1000 bootstrap. Kết quả: Tỷ lệ các mẫu H. pylori có gene CagA dương tính là 81,6% (49/60 mẫu) và tỷ lệ các mẫu H. pylori có gene VacA dương tính là 100% (60/60 mẫu). Vùng gene VacA của 8 chủng H. pylori nghiên cứu có tỷ lệ đồng nhất từ 89,8 - 97,0% về nucleotide và 87,0 - 98,6% về amino acid. So sánh với các chủng của thế giới, các chủng H. pylori của Việt Nam có tỷ lệ đồng nhất về nucleotide và amino acid lần lượt từ 89,7 - 96,8% và 89,0 - 96,2%. Phân tích phả hệ nguồn gốc dựa trên trình tự nucleotide gene VacA cho thấy các chủng H. pylori của Việt Nam rất đa dạng về di truyền và thuộc các nhóm khác nhau trên cây phả hệ. Kết luận: Các chủng vi khuẩn H. pylori của Việt Nam gồm nhiều loại khác nhau và có nhiều biến đổi về trình tự gene so với các chủng phân lập trước đây. Vì vậy, việc bổ sung các dữ liệu sinh học phân tử của vi khuẩn H. pylori tại Việt Nam là rất cần thiết, nhằm góp phần làm sáng tỏ thêm về đặc điểm phân tử của các chủng vi khuẩn gây bệnh tại Việt Nam. * Từ khóa: Gene CagA; Gene VacA; Helicobacter pylori; PCR; Phát sinh loài.

Abstract

Objectives: Sixty gastric biopsies isolated from patients diagnosed with peptic ulcer disease, gastric dysplasia, and cancer at 19-8 Hospital, Ministry of Public Security were collected and identified for the presence of the VacA and CagA gene of H.pylori by multiplex-PCR. Next, the p33 region in VacA gene of eight H.pylori strains from 3 disease groups was sequenced and analysed for molecular characterization. Subjects and methods: The study samples were gastric biopsies which were positive with the Urease kit. Total DNA was extracted by DNeasy Blood and Tissue Kits. This DNA was used to PCR with specific primers to obtain VacA region which includes p33. Sequences of the VacA genes were analyzed phylogeny by MEGA X with bootstrap 1000. Results: All of 60 of samples had VacA gene (100%), and 49 of 60 samples had CagA gene (81,6%). The eight H.pylori strains in this study had a similarity rate from 89.8 - 97.0% of nucleotide and 87.0 - 98.6% of amino acid sequences; and from 89.7 - 96.8.0% of nucleotide and 89.0 - 96.2% amino acid with the H. pylori strains of Asian countries registered on the GeneBank. Phylogenetic analysis showed that eight H.pylori strains in this study have many variations in the VacA gene and belong to different groups on the phylogenetic tree. Conclusion: The H. pylori strains from Vietnam include many different types and have changes in gene sequences compared to previous isolates. The addition of molecular biological data of H. pylori bacteria in Vietnam is necessary. * Keywords: Gene CagA; Gene VacA; Helicobacter pylori; PCR; Phylogeny.