Tóm tắt

Mục tiêu: Xác định sự phân bố và các loại tổ hợp gen kháng thuốc kháng sinh của Enterobacterales kháng carbapenems (CRE) mang gen mã hóa carbapenemase tại Bệnh viện Quân y 103 giai đoạn 2015 - 2019. Đối tượng và phương pháp: Các chủng Enterobacterales được phân lập tại Khoa Vi sinh, Bệnh viện Quân y 103 từ 1/2015 - 6/2019. Lấy bệnh phẩm, nhuộm soi, nuôi cấy phân lập, xác định loài theo hướng dẫn của WHO. Thực hiện kháng sinh đồ theo hướng dẫn của Viện các Tiêu chuẩn về Lâm sàng và Xét nghiệm (CLSI). Xác định sự có mặt của các gen kháng thuốc bằng kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen thế hệ mới. Kết quả: 1.063 chủng Enterobacterales được phân lập trong thời gian nghiên cứu, trong đó 84 CRE mang gen mã hóa carbapenemase (7,90%). Trong đó, cao nhất là K. pneumonia (21,32%), Klebsiella spp. (7,60%), E. coli (2,88%). Tỷ lệ Enterobacterales mang gen mã hóa carbapenemase từ năm 2015 - 2018 lần lượt là 2,21%, 3,24%, 13,54%, 11,53%, tỷ lệ này cao ở Khoa Hồi sức (20,21%), Khoa Ngoại (5,94%), các Khoa Nội (3,94%), Khoa Truyền nhiễm (5,41%). Có sự khác nhau về tỷ lệ mang gen kháng theo bệnh phẩm: Hô hấp (24,41%), nước tiểu (9,47%), khoang vô trùng (3,53%), máu (4,45%), mủ (6,29%) (p < 0,0001). Kiểu gen blaNDM chiếm tỷ lệ cao nhất (61,46%), blaKPC-2 (26,04%), bla OXA-48 (12,50%). Có 12/84 chủng mang kết hợp 2 gen kháng carbapenem và đều có blaNDM. Phân lập được 2 chủng Enterobacterales mang tổ hợp gen mới (blaNDM-5 + blaOXA-484). Đây là lần đầu tiên phân lập được chủng vi khuẩn đường ruột mang tổ hợp gen kháng này tại Việt Nam. Kết luận: Tỷ lệ Enterobacterales mang gen mã hóa carbapenemase có xu hướng tăng dần theo thời gian và có sự khác biệt giữa các khoa phòng, bệnh phẩm. * Từ khóa: Enterobacterales; Carbapenemase; CRE.

Abstract

Objectives: To determine the distribution and types of resistance gene combinations of CRE carrying genes encoding carbapenemase at Military Hospital 103 from 2015 to 2019. Subjects and methods: Enterobacterales strains were isolated at the Department of Microbiology, Military Hospital 103 from January 2015 to June 2019. Taking swabs, Gram stain, culture isolation, identification of species according to WHO guidelines. Determination of the presence of drug resistance genes by next generation whole genome sequencing technique. Results: 1,063 Enterobacterales were isolated during the study period, of which 84 CRE carried genes encoding carbapenemase (7.90%). Among the strains carrying genes encoding carbapenemase, the highest was K. pneumonia (21.32%), followed by Klebsiella spp. (7.60%), E. coli (2.88%). The rates of Enterobacterales carrying genes encoding carbapenemase from 2015 to 2018 were 2.21%, 3.24%, 13.54%, 11.53%, respectively. This rate was high in the ICU (20.21%), lower than at the Department of Surgery (5.94%), Internal Medicine department (3.94%), Infectious Disease (5.41%). There was a difference in the rate of carrying resistance genes among different types of specimens; respiratory specimens (24.41%), urine (9.47%), sterile chamber specimens (3.53%), blood (4.45%), pus (6.29%) (p < 0.0001). Genotype blaNDM accounted for the highest percentage (61.46%), followed by blaKPC-2 (26.04%), bla OXA-48 (12.50%). There were 12/84 strains carrying a combination of two carbapenem resistance genes, all of which had the presence of blaNDM. Two Enterobacterales were isolated with new gene combinations (blaNDM-5 + blaOXA-484). This is the first time that Enterobacterales carrying this resistance gene combination has been isolated in Vietnam. Conclusions: The rate of Enterobacterales carrying genes encoding carbapenemase tended to increase over time and there were differences among departments and specimens. * Keywords: Enterobacterales; Carbapenemase; CRE.